Vilslern gehört zu den „Urpfarreien“ im Vilstal. Nach einer Schenkungsurkunde durch den Freisinger Bischof Atto (783 – 811) dürfte im Landstrich „Hlera“ bereits eine Ansiedlung gewesen sein. Daran erinnert auch ein Gedenkstein an der Straße beim Feuerwehr-haus zur 1200-Jahr-Feier.

Die erste Kirche, die in einer Urkunde des Grafen Isangrim erwähnt wird, stand wohl schon um das Jahr 981. Die massiven Fundamente der Kirche und der Turm deuten auf eine spätromanische Anlage aus dem 12. – 13. Jh. Reste eines Rundbogenfrieses, die in der oberen Sakristei noch sichtbar sein sollen, bestätigen dies. In der Gotik zwischen 1450 und 1500 wurde auf jeden Fall die Einrichtung der Kirche erneuert. Einige Figuren aus dieser Zeit sind noch vorhanden.

1754 wurde die Kirche noch einmal stark verändert. Die Jahreszahl versteckt sich in der Inschrift im Chorbogen. Die Kirche wurde um ein Joch verlängert. Die Einrichtung wurde barock. Die Stuhlwangen sind noch aus dieser Zeit.